“Музей” гэх үгийг хамгийн анх 1546 онд Италийн түүхч Паоло Жовио нь “Musaei Joviani Descriptio” гэх каталогит анх хэрэглэжээ. Энэ үеэс эхлэн төрөл бүрийн цуглуулгын нэршилд музей гэх үгийг ашиглах болжээ.
Музей нь эд өлгийн зүйлсийн цуглуулгыг хадгалах, ангилаx, шинжлэн судлан зарим хэсгийг нь үзмэрт дэглэж олон нийтэд үзүүлдэг институт юм.

Соёл иргэншилтэй бусад орнуудтай харьцуулахад Монгол Улсад музей харьцангуй хожуу үүсжээ. Монголчууд музейд дэлгэн тавих үзмэр төрөл зүйлийг 1921 оноос эхлэн цуглуулж, 1924 оноос цуглуулсан үзмэрүүдийг олон нийтэд дэлгэн үзүүлэх 200 гаруй үзмэр бүхий музейг анх байгуулсан билээ.

1940-1941 онд музейн үзмэрийг түүх, угсаатны зүй, урлаг, байгалийн дурсгалт зүйлийн хэсэгтэй болгон өргөтгөн “Орон нутгийг судлах музей” гэж нэрлэх болсон байна. 1956 онд тус музейг түүх, байгалийн үндсэн 2 тасагтай болгосны гадна палеонтологийн бие даасан шинэ хэсэгтэйгээр өргөтгөн иж бүрэн шинэчлэн “Улсын төв музей” гэж нэрлэжээ.

1960-1990-ээд оны хооронд Богдын ордон музей, Шашны түүх, урлагийн Чойжин ламын сүм музей, Эрдэнэ-зуу, Амарбаясгалант зэрэг түүх уран барилгын тусгай дурсгалын музейн газрууд Улсын төв музейн салбар болон ажилласан түүхтэй.

1966-1973 онуудад бүх аймагт соёлын жижиг кабинет музейнүүдийг түүх, байгаль, урлаг, угсаатны зүйн булан хэсэгтэйгээр өргөтгөж шинэчлэн байгуулсан.

1990-ээд оноос Монгол Улс нийгэм, эдийн засгийн шинэ тогтолцоонд шилжсэнтэй холбогдон тухайн үеийн Соёл Урлагийн хорооноос Улсын Төв музейг Монголын Үндэсний түүхийн музей, Байгалийн түүхийн музей болгон шинэчлэн зохион байгуулах шийдвэр гаргажээ. Энэ нь 1991 оны эцсээр Улсын төв музей татан буугдаж, түүх, угсаатны зүйн хэсэг нь хуучнаар Хувьсгалын музейн байранд шилжиж, Монголын Үндэсний түүхийн музей, 1991 оноос Улсын Төв музейн байранд Байгалийн түүхийн музейг дангаар байгуулжээ. Энэхүү өөрчлөлтийг хийсэн БНМАУ-ын Засгийн газрын дэргэдэх Соёл, урлагийн хөгжлийн хорооны даргын 1991 оны 09 дүгээр сарын 30-ны өдрийн “Зарим музейн бүтэц, зохион байгуулалт, цалингийн санг шинэчлэх батлах тухай” хэмээх тушаалыг хавсаргав.